La película cuenta la historia de Mario y Luigi, dos hermanos que viajan a un mundo oculto para rescatar a la Princesa Peach, capturada por el malvado Rey Bowser. Las cosas, sin embargo no serán sencillas. Mario y Luigi tendrán que enfrentarse a un ejército de setas animadas antes de luchar contra su oponente. Rutas de ladrillos y castillos con múltiples peligros serán algunos de los obstáculos que los hermanos tendrán que superar para conseguir su objetivo.